附睾炎的主要症状包括阴囊部位的疼痛和肿胀，疼痛通常从一侧开始，可逐渐加重并向腹股沟及下腹部放射。急性附睾炎起病急骤，患者常在数小时内出现明显的阴囊红肿热痛，附睾明显肿大，触痛剧烈，与睾丸的界限不清，形成附睾睾丸炎。同时可伴有全身症状，如发热、寒战、乏力等，体温可高达三十八至三十九摄氏度。体格检查可见患侧阴囊皮肤发红、水肿，附睾明显肿大变硬，精索增粗且有压痛。慢性附睾炎则症状相对轻微，主要表现为阴囊隐痛或坠胀感，附睾可触及结节状增厚，劳累或久站后症状加重。
附睾炎可以引起排尿异常，尤其是当附睾炎继发于尿道炎或前列腺炎时。常见的排尿异常包括尿频、尿急、尿痛和排尿困难，部分患者可出现尿道分泌物。这是因为引起附睾炎的病原体往往同时感染了尿道和前列腺，导致尿道黏膜充血水肿，刺激膀胱颈部和后尿道，从而引起排尿刺激症状。在急性附睾炎中，约百分之六十至八十的患者伴有泌尿系统感染症状。因此，当出现阴囊疼痛伴排尿异常时，应高度怀疑附睾炎的可能，需要及时进行尿常规、尿培养和泌尿系统超声等检查以明确诊断。
附睾炎与睾丸扭转的鉴别是泌尿男科急诊中的重要课题，因为两者的处理原则截然不同。睾丸扭转多见于青少年，起病突然，疼痛剧烈，常于夜间或运动后急性发作，可伴有恶心呕吐。体格检查时睾丸位置抬高，呈横位，提睾反射消失，Prehn征阴性（即托起阴囊时疼痛不减轻或反而加重）。而附睾炎起病相对较缓，疼痛逐渐加重，Prehn征阳性（托起阴囊时疼痛减轻），多有泌尿系统感染史或诱因。多普勒超声检查是鉴别两者最可靠的方法，睾丸扭转表现为睾丸血流减少或消失，附睾炎则表现为附睾血流增加。由于睾丸扭转需在六小时内复位，否则可导致睾丸坏死，因此疑似病例应紧急就医。
慢性附睾炎通常由急性附睾炎治疗不彻底转变而来，也可隐匿起病。其症状不如急性期明显，主要表现为阴囊部的隐痛、坠胀感或不适感，可向腹股沟和大腿内侧放射。体格检查可触及附睾增厚、变硬，有时可扪及结节感，附睾与睾丸分界清晰，精索可增粗。症状往往在劳累、久站、长时间行走或性生活后加重，休息后减轻。慢性附睾炎可反复急性发作，严重影响患者的生活质量和工作效率。部分患者可能出现性功能障碍，如勃起疼痛、射精疼痛等。由于慢性附睾炎病程较长，容易反复，治疗上需要更长的疗程，通常需要联合抗生素、物理治疗和中医药治疗等综合手段。
附睾炎的诊断需要进行系统的检查。首先是尿常规和尿培养检查，可明确是否存在泌尿系统感染及病原菌种类。血常规检查可了解感染严重程度，急性期白细胞计数和中性粒细胞比例通常升高。阴囊彩超（多普勒超声）是诊断附睾炎最重要的影像学检查手段，可清晰显示附睾的大小、形态、回声及血流情况，急性附睾炎表现为附睾体积增大、回声减低、血流信号丰富，并可同时排除睾丸扭转、睾丸肿瘤等疾病。尿道分泌物涂片或培养可用于明确病原体，对于性传播感染相关的附睾炎尤为重要。对于反复发作或治疗效果不佳的患者，可能需要进行泌尿系统造影、膀胱镜等检查，排除泌尿系统结构异常或梗阻性病变。