排尿异常是男科疾病最常见的警示信号之一。尿频（白天排尿次数超过8次或夜间超过2次）、尿急（突然产生强烈尿意难以控制）、排尿困难（排尿费力、尿线变细、尿流中断）是前列腺疾病的典型表现，常见于良性前列腺增生和慢性前列腺炎。尿痛（排尿时或排尿后尿道烧灼感或刺痛）往往提示泌尿系统感染，如尿道炎、膀胱炎或急性前列腺炎。肉眼血尿是泌尿系统疾病的重要警示信号，可能由感染、结石、前列腺增生或肿瘤引起，一旦出现必须立即就医。尿液浑浊或尿道口有异常分泌物也提示可能存在感染或炎症。
男性身体多个部位的疼痛可能提示男科疾病。会阴部（肛门与阴囊之间）的坠胀感、隐痛或不适是慢性前列腺炎的典型症状，疼痛有时会向腰骶部、下腹部、大腿内侧和睾丸放射。睾丸疼痛可能由睾丸炎、附睾炎、睾丸扭转或精索静脉曲张引起，其中睾丸扭转是急症，需要在6小时内进行手术复位，否则可能导致睾丸坏死。射精疼痛（性高潮时或射精后的疼痛）可能提示前列腺炎、精囊炎或射精管梗阻。腰骶部持续性钝痛可能与前列腺疾病、盆腔充血综合征有关，但也需排除腰椎间盘突出等其他疾病。
性功能的变化往往是男科疾病的重要信号，也可能是全身性疾病的早期表现。勃起功能障碍（ED）不仅是男性的困扰，也可能是心血管疾病的"前哨"信号。由于阴茎动脉的管径比冠状动脉更细，动脉粥样硬化可能在阴茎血管中更早出现症状，因此ED可能比心绞痛提前2至3年出现。早泄的新发或加重，尤其是伴随其他症状出现时，需要排查是否有前列腺炎、甲状腺功能异常等潜在病因。性欲的突然减退可能提示睾酮水平下降、抑郁症或慢性疾病。射精量的明显减少或精液中出现血丝（血精）需要警惕精囊炎或前列腺疾病。
生殖器外观的变化是最直观的警示信号。阴茎或阴囊皮肤出现异常的红斑、丘疹、水疱、溃疡或疣状赘生物，需要警惕性传播疾病，如生殖器疱疹、尖锐湿疣、梅毒等。睾丸的肿大或触及硬结可能是睾丸肿瘤的早期信号，年轻男性尤其需要重视。阴囊内的"蚯蚓状"团块（精索静脉曲张）可能影响生育能力。阴茎异常弯曲（佩罗尼病）可能伴随勃起疼痛。包皮口狭窄（包茎）或包皮嵌顿（包皮翻开后无法复位）需要及时处理。值得注意的是，一侧睾丸突然出现剧烈疼痛伴肿胀，应高度警惕睾丸扭转，这是需要紧急手术的男科急症。